Saison 2 :
Lucas apprend que Dan a fait une crise cardiaque, il demande à son oncle de revenir à Tree Hill pour Nathan. Il retrouve Peyton et Brooke et essaye de construire un semblant d'amitié. Il organise une fête pour le mariage de Nathan et Haley. Lucas rencontre une jeune fille : Anna avec qui il vit une histoire assez courte car Lucas se rend compte qu'il aime toujours Brooke. Malheureusement, Brooke en a décidé autrement et entame une relation sérieuse avec Félix. Lucas reste toujours près d'elle en ami. Mais il souffre. Il souffre de la voir dans les bras d'un autre tout comme il souffre du départ d'Haley. Elle lui manque et c'est pour cette raison qu'il part la voir à New-York accompagné de Brooke. Lucas s'est installé chez Dan pour le surveiller et très vite il trouve quelque chose de louche sur son père. Nathan souhaite que son frère arrête ses recherches car Deb veut reconstruire leur famille. Mais Lucas donne le feu vert à Andy pour continuer. Quand Nathan apprend que Lucas lui a menti à propos de ses recherches et d'Haley, il ne l'accepte pas. Lucas n'est plus son frère et encore moins un ami. A la fin de la saison, on apprend que Lucas a la même maladie que son père. C'est dan qui lui payait les médicaments afin que Karen ne soit pas au courant.