Saison 2 :
Peyton vit très mal le départ de Jake, elle noie sa tristesse dans l'ouverture d'un club : le Tric pour lequel elle organise des soirées ouvertes aux jeunes. Elle fait une très mauvaise rencontre : Rick un manager qui lui fait prendre la direction de la drogue. Peyton se lie d'amitié avec Anna mais se sent seule. Tous ses amis sont en couple sauf elle... Un matin, elle retrouve son casier tagué : "Dike" (Lesbienne). Très vite tout le lycée la croit homosexuelle et Anna l'évite. Peyton ne démentit pas la rumeur et fait tout pour changer le regard des gens ce qui lui vaut une semaine de renvoi. De plus en plus mal, elle rappelle Rick mais heureusement, Jake arrive à temps pour l'empêcher de faire une bêtise. Lucas a appelé Jake car il s'inquiétait pour Peyton. Jake décide de rester à Tree Hill au plus grand bonheur de Peyton! Ils commencent une histoire mais Nikki revient à Tree Hill et envoie Jake en prison et retrouve Jenny juste avant qu’il ne sorte de prison. Jake quitte donc Tree Hill à la recherche de sa fille. A la fin de la saison, Peyton rencontre Ellie qui dit être sa mère biologique.