Durant la saison 2:
Il vit très heureux avec Haley. Il ferait tout pour elle et il ne veut pas être séparé d’elle. Il refusera même un stage de deux mois pendant les vacances de Basket pour ne pas être loin d’elle. Pour ne pas l’inquiéter, il lui cache également qu’il a des chances d’avoir la maladie de son père. Il fait donc des tests qui sont négatif. Mais du côté d’Haley, elle est séduite par Chris Keller, un chanteur qui lui propose de partir faire une tournée avec lui. Elle refuse au début puis finit par accepter. Nathan tombera dans une grosse déprime, et se mettra à boire. Lucas fait de son mieux pour le sortir de là mais c’est très dur. Ils partent entre frère voir un cousin qui fait des courses en circuit et Nathan aura un grave accident. Il fait un rêve, ce qui le fera réfléchir et il demande à Haley de ne pas revenir et continuer son rêve. Il se rend compte qu’il a oublié sa famille en ne voyant qu’Haley. Il essait tant bien que mal de s’en sortir seul mais il décide de revenir chez ses parents pour rattraper ses erreurs et redevenir une vraie famille avec Dan et Deb. Il demande à son frère de ne plus enquêter sur lui et Lucas continue et par la suite, il va voir Haley à la tournée et ment à Nathan. A la fin de la saison, il décide de partir au stage de Basket et avant de partir, il dit à Lucas qu’il ne sont plus frères ni même amis car il n’a plus confiance en lui, qu’il l’a trahi. Haley revient dans le dernier épisode et il la retrouve devant chez lui (chez Dan et Deb)…
Quand Nathan rentre du stage, il ne prévient personne. Lucas va le voir mais Nathan ne veut toujours rien savoir : ils ne sont plus frères! Il a beaucoup de mal à pardonner à Haley mais quand Lucas l'engueule, il accepte d'avoir une discussion avec sa femme. Les premiers jours au lycée sont durs pour Haley mais Nathan après un certains temps de réflexion reviendra vers elle. Petit à petit, il lui pardonne et lui redonne une chance. Il fait de même avec son frère. Nathan accepte mal de voir Haley abandonner ses rêves pour lui, il rappelle donc Chris et le paye pour qu'il revienne voir Haley. Le jour où Jimmy Edwards introduit une arme dans le lycée, Nathan ne pense qu'à une chose : retrouver Haley! Résultat : ils se retrouvent tous les deux ainsi que Skills, Rachel, Micro et deux autres élèves enfermés dans une salle de cours avec Jimmy.
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